>業務命令で廃棄すべきパンを廃棄せず、自宅で食べていた場合、それを理由に、解雇されるのはしかたないとしても、その行為が、窃盗、業務上横領などとなり警察につかまったり、それは通報される行為ですか？

もちろんそうです。
警察に捕まる犯罪です。


食品の販売業の場合、売れ残った食品（商品）は従業員が持ち帰ったり食べたりしてはいけない、という規則は一般的によく見かけます。

たとえ廃棄する予定の商品であっても、それはレッキとしたお店の商品であり、それを許可なく勝手に食べたりすれば、商品を横領したのと同じですから、お店からみれば「泥棒」と同じことですよ。
警察に通報する、というのも当然でしょう。

コンビニなどでもしばしば見かけられますが、自分の欲しい商品（弁当など）をわざと大量に発注し、売れ残って捨てたことにして自分で持って帰る、という悪質な従業員もいるそうです。

このようなことをされたら、ただでさえ利益の薄い商売なのに、お店はたまらんでしょう。

したがって商品の横領については犯罪なので、これを認めると他の従業員もマネしますから、お店側は強い態度で臨んでくると思います。
悪質であるとお店側が判断した場合、あなたが故意にわざと商品がたくさんあまって自宅に持ち帰れるようにしむけていたのではないか？と疑われる危険性も、あなたの立場によりけりですが、ないとはいいきれません。
気をつけたほうがよいでしょう。

ただし、それとは別の話で、残業代の未払いがあると主張されるなら、それはそれで主張したほうがよいでしょう。
請負契約ではなく、時間給で雇用された以上、たとえどんなに仕事が遅かろうとも時間給（残業代も同様）は支払わなければならないからです。