あらかじめ損害賠償を予定した雇用契約は無効です。
貴殿の契約内容を見たわけではありませんが、上記に該当すれば、とりあえずその部分は無効です。
しかし、賞味期限切れのパンを売っても持ち帰ってもいけないという決まりは妥当性があり、これを長期間、常習的に違反していた貴殿は言い逃れはできないと思います。待ち伏せされたのは、以前から目をつけられていたということでしょう。それを怖いとは・・・お店の人にそこまでさせたあなたも十分怖いですよ。
「どうせ捨てるもの」と「ゴミ」はまったく違うと思います。捨てる前の段階にあるものは、例え賞味期限切れであっても、お店の所有物でしょう。他人様のものを黙って持って帰る神経麻痺には弁護のしようがないですね。自分を正当化するような悪あがきはよろしくないと思います。
ただし、損害額については、金銭的に確定は困難でしょう。日本中に同じような事例がいっぱいあると思いますので（あなただけではないでしょう）、決着方法も何か慣例的なものがあるかもしれませんね。バイト代が消えるほどの賠償になるとは思えないですが。まあ、いきなり警察に通報されてもしょうがないですが、通報された警察は困るでしょうね。警察もヒマではないですから。
なお、残業代その他労働条件の改善については、別問題です。それはそれで、別途改めて協議されたらよいと思います。タイムカードがある限り、「仕事の効率が悪いから遅くまでかかったので、残業代を払わない」という主張は、現在の法律ではほとんどへ理屈なので、貴殿には勝算があると思います。したがって、この件については、別途、労働基準監督署に相談しますと言えば、相手も考えるかもしれません。
しかし、やられたらやりかえす・・・外野から見ていて、どっちもどっちって感じで、どうなんでしょうね。
どこまでされるのか、全ては自己責任で行動されるしかないでしょうね。