月末が休日の場合は、原則は翌営業日が正しい処理です。
しかし、月末が休日の場合とそうでない時で比較がし難くなります。
 私の勤めている会社では、月末が休日になった場合でも受手と支手は月末処理しております。
無論、銀行残とは異なりますので差異表は作成しております。
特段、税務署からの指摘もなかったようです。
大手は監査法人の手前、残確を見るときちんと処理がされているようです。