通勤交通費の支給については、そもそも法律で決められていないため、会社側にかなりの裁量権があります。
少々時間がかかっても、一番経済的な経路の交通費しか支払わないと決められたら仕方がないでしょう。いきなり変更で、まったく問題ないとは言えませんが、感情的な配慮がなかったと言えても、法的には既得権を主張しても、難しいような気がします。

労災は、提出した通勤経路でなければ適用されないという話をよく聞きますが、これは迷信。会社が、通勤経路をしっかり守らせようと脅しているのかもしれません。
労災、正確には、通勤災害は、合理的な経路、手段であれば認められます。電車で1時間だが、車で高速道路を使えば30分という人もいるでしょう。会社に無断でマイカーで通勤して事故にあっても通勤災害と認定されるケースは珍しくないです。社会保険は社会保険として適用対象が決まっています。
会社の決まりは、会社だけの問題です。ただし、就業規則にマイカー通勤禁止とあれば、保険は出ても、会社内で就業規則違反で懲戒処分になるということはあるでしょう。
例題が、大げさで申し訳ないです。国の決まりと会社の決まりは別個に考えればよいというニュアンスが伝わればよいのですが。