今年、何件か支払調書を発行しましたが、社印押してません。
相手方からも何も言われたことはないのですが。。。

以下に過去ログを見つけました。
税法上は捺印の規定はないようです。
↓
http://www.otasuke.ne.jp/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=thread&topic_id=8458&forum=5&post_id=33269#33269

今回は要望があるので、捺印して送付したら親切だと思います。

受け売りでの答えですみません。