asamiさん、中途半端な投稿で失礼しました。
kamehenさん、フォローをありがとうございました。

税務署へ提出したものは税務署側の資料となり、
支払先へ同じものを発行するのは「これを税務署へ提出してあります」とお知らせする（支払先は税務署が何を把握しているのかを知る）ことだ理解していたのですが。
大雑把に言うとそういうことですよね？