はじめまして、自分も初心者ですがご参考になれば幸いです。
集計する都合上、本来は、売上はすべて売掛金を通過させるのが適切なんでしょうね。

今回の話とは関係ありませんが、たとえば、先に（デイリーで）売掛金の現金回収の仕訳をして、そのあとで（マンスリー）回収済み分も含めて売掛金計上の仕訳をされるのはいかがですか？順番がおかしいのですが、うちの会社では回収のスパンがみんなバラバラなのでそうしています。会計ソフトのことはよく分からないのですが、ソフトでエラーになったりしなければ結構スマートにできると思います。

今回の仕訳に関しては現金/売上を活かすのであれば、マイナスとか逆仕訳するしかないですよね。

的外れでしたらゴメンナサイ。