通勤手当とは、あくまで通勤に要した交通費ですので、業務上費消した交通費は該当しませんが、貴社の給与計算では、その外勤交通費を含めて、給与計算されているってことですね？
厳密には、通勤交通費と外勤交通費は用途が違うので、省いて良いと思いますが、念の為、お近くの社会保険事務所へ相談される事をお勧めします。