基本的に、印紙を貼付すべき契約書や領収証に
印紙が貼られていなかったからといって、
法的な効力に影響はありません。

ただ、書類が真正のものか偽造されたものかが
争点になるような局面では、「印紙も貼られていないし、
偽者かもしれないな」という方向に判断が傾く可能性は
多少なりともあるかもしれません。
（今回のケースは、そのおそれは低そうに思えますが）

印紙貼付欄が普通に印刷されているところからも、
仰るとおりコンビニ側の単なる不納付だと思うので、
放っておくなら放っておいてもいいのでしょうが、
それが元で調査の時に余計な手間暇を食うのも何ですので、
今日と言わず時間のあるときに、店長クラスの人に
話せばよいのではないでしょうか。

（過去に類似の話題のスレがありましたので、ご参考まで）
http://www.otasuke.ne.jp/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=2707&forum=1