azukaさん、こんにちは。

日割り計算するのが一般的だと思います。
計算方法として、
例）1/8退職　10日〆　20日払い
a)まずは分母となる労働日数を決めます。
　方法としては、
　・年間労働日数÷12ヶ月
　・該当月の労働日数
　が挙げられます。今回は前者を想定します。

　年間労働日数　260日÷12ヶ月＝21.67日

b）次に1/8が期間中の何日目にあたるかを
　導きます。
　仮に12/11から勘定して15日目としましょう。

c）給与や通勤手当を日割り計算します。
　給与20万円の場合
　　200,000円×15÷21.67＝138,440円

その他必要事項として、
　・健康保険、厚生年金は1/8までの在籍なので
　　1月分の徴収は必要ありません。
　・地方税を一括納付するのか、退職後個人が
　　当該市町村へ納付しに行くのか話し合う
　　必要があります。