交通費に関しては出張に要した分だけを会社に申請してもらえばいいと思います。
宿泊費について、当社では役職によってランク分けして「宿泊手当」として支給しています。もしこういう風な支給をされているのでしたら、もちろん実家に泊まった分は支給されませんので注意してください。
＃実費精算なら問題ありませんけども。