支店さんとなると話は別かもです。

私がいたのは営業所でしたが、
税務調査はない代わりに監査法人が数年に一度
本社の人と一緒に監査しに来ます。
現金と出納帳の残高照合ももちろん有ります。
御社はたぶん監査がないのでは？
あれば突っ込まれるはず。

上司より本社や他の支店に確認した方が早いですよー
普段やりとりはないんでしょうか？
もしかしたら、その支店のやり方かと放っておかれてるのかも。。
「すごく分かりづらいんですけど科目は分けちゃ駄目ですか？」
本社経理の意見が最優先です。
こう言ってみられたらどうでしょう？