基本的に2ヶ所から給与を受けている人は確定申告をしなければなりません。
ただし、従たる給与が20万円以下の場合は申告不要です。(住民税にはこの申告用不要の規定はありません)

また、医療費控除などで確定申告が必要な時は、この20万円以下の給与も入れて確定申告をしなければなりません。

その他いろいろな条件もありますので、下の"2 給与所得がある方の場合"をチェックしてみて下さい。
http://www.nta.go.jp/category/kakutei/tebiki/h17/a/04/04000400.html

なお、給与支払報告書というものを会社が従業員の居住する自治体へ提出しますので、申告が必要な給与がもれている時などはここから解かる場合が多いです。
地方自治体→税務署→会社又は個人へという流れですね。