こんにちは。

このような場合の小切手を未取立小切手といいまして、時間の経過と共に帳簿残高と通帳残高は一致することになります。
会社側ですでに記帳している場合は、何もする必要はありませんから、一時的には通帳通りでなくとも大丈夫です。

なお、月末や期末には銀行残高調整表を作成し、未取立小切手を含め、不一致の原因を明らかにしておくことは、よくあるケースです。