相殺取引は沢山あります。
ただ、監査で指摘されて全ての取引に関して領収証を交わすように言われたのですね。
金額はどうなんでしょうか？１０万から２、３０万です。
私は、毎月相殺の確認を行って、お互いの債権債務の金額の確認を行い、その上で期日をお互い確認して、その支払を行うべき日を期日付で領収証を交わすようにしてました。
それまでは、相手方から書面を交わすと言う約定の場所以外は社内で伝票処理してました。