深夜割増賃金に当てるべきものであると明示した上で、
固定の金額を「深夜手当」等の名目で支給すること自体は
可能ですが、現実に行われた深夜労働時間に基づいて
計算した『あるべき割増賃金の額』がその手当の額を
超えた時は不足分を追加で支払う義務があります。

例えば、基本給のほかに上記「深夜手当」を月5万円
定額で支払うこととしていたとき、
1.実際の深夜労働があまりなく、計算すると3万円分に相当する月
　→5万円の深夜手当をそのまま支払う
2.実際の深夜労働が多く、計算すると8万円分に相当する月
　→5万円の深夜手当てに加え、不足分3万円を支払わなければならない
ということになると思います。

あまり詳細に当たってみたわけではありませんが、
根拠は法令ではなく判例のようです。
（参考（深夜に限らず割増全般の話ですが））
http://www.ibarakiroudoukyoku.go.jp/soumu/qa/chingin/chingin06.html

年俸制において時間外割増賃金（これも深夜に特化した話ではありませんが）
に当てるべき固定額部分を設ける場合については
通達があったと思います。（平成12年3月8日基収第78号）