こんにちは。

状況にもよりますが、あなたが住宅借入金特別控除の規定を受けているなら、その住宅に居住していることが条件です。
規定を受けているなら、居住している自宅に住民票を移した方がいいと思います。

また通常、年末調整の時の住所は住民票の住所地を書きます。
なぜなら、住民税の関係で住民票の市役所に書類等を提出するからです。