通常は実地棚卸金額で
商品／期末商品棚卸
の仕訳を行えば商品ロス分も売上原価に算入されますので、それで十分かと思いますが、商品ロスが水害による商品被害であったり、盗難による損失など原因がわかっていれば
災害(盗難)損失〔特別損失〕／他勘定振替〔売上原価〕
の仕訳も必要かと思います。