>何で、定款・特例有限会社の登記変更云々に、「通常の決算に伴う議事録の作成」が関係してくるのかがわかりません・・・

定款および登記の変更のためでしたら、たぶん総会議事録の事を言っていると思うのですが、私もわかりません(笑)。

一応、流れ的には、
総会決議（承認）→議事録作成→定款変更
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　→司法書士依頼→登記変更
です。（かなり大雑把ですが）