住民税は基本給に課税するのではなく、
総支給額から様々な控除をした後の金額に課税されます。

基本給の高いAさん　住民税4,000円
基本給の安いBさん　住民税5,000円

この一見不均等な原因は様々考えられますが、
一例としては・・・

1.　Bさんは賞与やインセンティブなどで、年間の総支給額がAさんより高い。

2.　Aさんは生命保険などに加入しており、その控除をしている。

などが挙げられると思います。