既に、mikさんがお書きになられている通りで、現実に住んでいる市町村のみに提出すべきものと思います。

ただ、住民票と住所が違う場合は、後から問い合わせがくる場合があったり、誤って２箇所で課税されてしまったりする場合もありますので、mikさんがお書きになられているようにされた方が良いと思います。

それと誤解が多い所ですが、個人の住民税については、税率は全国一律です。
以前は均等割のみ、市町村の規模によってわずかな金額だけ違ってましたが、それも統一されましたので、全国一律で間違いないものとなります。
良く、工場等がある所は、税金が安い等の話を聞いたりしますが、個人の住民税に関しては、それは全くのウソという事となります。

ただ、国民健康保険料については、各市町村によって、料率も計算方法もバラバラですので、かなりの格差があったりはします。

いずれにしても、学生であればまだしも、就職されたのであれば、実際の住所地に住民票は移さなければ違法な事となりますので、直ちに住民票を移すべきものとは思います。