外注さんに対する食事代の供与は、厳密には税務上「交際費」に該当します。
従業員の昼食代について、1/2以上徴収しなければ経済的利益の供与として源泉税が課税されるのに、外注であれば課税されないというのはおかしな理屈かと思います。

御社が、昼食代も含めて外注費とするのであれば、請求書上において最初から昼食代を含めた請求額を作成し、そこから昼食代を控除する方法をとる必要があります。
その外注先においては、請求額全額が売上となり、昼食代については個人については経費とならず、法人においては従業員に対する経済的利益の問題として再度判断していく必要があると思われます。

請求書上で昼食代を請求しないことしているのであれば、取引先に対する供応または贈答に該当することは明らかです。