管理上保存するに越した事はないかと思います。
このプリペードかーどについてこの領収書分使ったとかわかれば
不正とかも防げそうです。

プリペードカードの使用はしていないのですが、似たようなものとして回数通行券を買った場合なんかについてうちでは貯蔵品にも前払い金もつかわないで交通費で処理します。

金額が少ないことなどから重要度が低いと判断している為です。
期末に大量に残っていることとかがないように運用はしています。

この場合、回数券について半券を集めて誰がいつ使ったってのを表管理でもすれば一番いいのでしょうがそこまではしていません。
中には私用で使っていたりする人がいるかもですが・・・