＞１万円購入したときは領収書が発行されず
　給油した際に給油分だけの領収書が発行されます。
↑
この場合でも前払い金／現金は可能です。
というか、領収書がないと処理しないでは現金が合わなくなるかと。ただし、現金支出があったことがわかるように領収書ではないけど何かしらの明細は取っておくべきだとは思います。（稟議書とか伺いとか）
で、実際給油したときに車両費／前払い金してその明細に領収書
付けておけばいいのではないかと。

実際に運用するに当たってはプリペードカード買った時に前払い金を使わず車輌費で処理してしまってもいいかなとも思います。
金額が小さくて毎期継続であればってことですが。