サーバーの移動だけで400万円もかかるとは思えませんが、
OAフロアでも導入したのでしょうか?

もし、移動及びそのための設定のみのことであれば
通常の引越し費用と同じように一括経費で問題ないと思いますよ。
美術品等の移動には保険を含めて結構な費用がかかるようですし、金額の多寡で一概に判断すべきもので内容に思います。