所得税法に反する事となりますので、応じるべきではありません。

源泉徴収義務者として、源泉徴収の対象となるものについては、支払いの際に源泉徴収しなければならないもので、相手が確定申告するしないには全く関係なく、源泉徴収義務がある訳で、税務調査になれば、会社が追徴されてしまう事となります。

その際、相手が確定申告していたとしても、追徴する場合は、税務署は、comptableさんが、その建築士から徴収できるかできないかには関係なく、まず徴収します。
もしも、確定申告済みであったとしても、本人から徴収して、その上で本人には更正の請求により還付してもらう手続きをとるように、という感じで税務署からcomptableさんの会社が言われるものと思います。
（現にそういう事例は結構あります）

その際には延滞税等もcomptableさんの会社でとられてしまいますので、源泉徴収しなかった時に損をするのはcomptableさんの会社という事になってしまいます。

源泉徴収義務というのは、普通に考える以上に強力なものですので、きちんと今まで通りに源泉徴収すべき事となります。