個別の雇入契約条件と違ってしまった　
という状況ですね。
それでしたら常勤でも非常勤でも週４０時間を
越えていないんだし、１ヶ月単位の変形労働
時間制も採用されているようなので
労基法上は問題ないと思います。

あとは当事者間の問題が処理出来れば
問題ないんじゃないですか？
繰り返しになりますが
当月の超過時間分について
・本人納得のうえそのまま未処理
・時給換算して残業扱いで賃金を支給
・業務に支障がない範囲で当月超過分を
　翌月時短して平均で　契約労働時間を
　超過しないようにする。

いずれかを当事者同士で決めればＯＫかと思います。