ありがとうございます。
助言いただいた中で…

>(略)あるいは超過分を翌月以降を時間短縮で
>勤務してもらい調整する。

があてはまると思います。結局週平均で換算したところ20時間を超える労働時間が発生していました。既にこの時間分の賃金も発生してしまっているので、ご説明から翌月以降の時間調整ということでよろしいわけですね。
正直いって労基法抵触の恐れ?ということも懸念いたした次第です。