ＦＣ本部は何をすればいいのか？
これがＦＣ本部として一番肝心なことで
その存在意義とマージンを確保する為に
一番検討を要するＦＣビジネスモデルの
コアの部分だと思います。
それがわかっていないとするとそもそも
本部さんが必要なのか？加盟店さん達が
かわいそうという気もします。
生意気言ってすいません。。。

y-hype さんが悩んでいらっしゃるのは
他のＦＣと差別化、競争する為、加盟店に
不信感を持たせない為にも情報が出てこない
実務レベルの極秘情報なのかなあ
という気もします。

簡単な内容というか経験から得た着眼点だけ
書いときますね。
・加盟店募集関連　
　　y-hype さんのＦＣへの加入意義の理論付けや
　　募集実務、説明会の運営
・加盟店からの加盟金の扱い
　　収入か？預りか？償却は？
・開店準備金の貸付制度
　　加盟店を確保するにはこんな手もあります。
・ロイヤリティ制度とその経理処理
　　募集形態が複雑になるとロイヤリティの
　　計算も複雑になります。加盟店は生かさず殺さず、
　　無理なロイヤリティは禁物です。
・加盟店の仕入はＦＣ本部一括とするのか？
　　本部一括にすると責任重大ですが、
　　ある程度厳守させないとＦＣが崩れます。
・加盟店側はＦＣ本部にどのような報告義務があるのか？
　　ＦＣ本部なしでは経営できないと加盟店を
　　洗脳する為にもシッカリした内容のものが必要です。　
・どのようにして加盟店を縛り、ＦＣを維持するか？
　　加盟店の店主はそれぞれが経営者なので
　　いかに儲けるか？本部なしで営業できないか？
　　そんな事を考えています。
ランダムにあげてみましたが経理仕訳という点で言うと
通常の会社と対して変わりはありません。
繰り返しになりますが特殊な処理は
・加盟金　・ロイヤリティ　・本部商材の販売法
これくらいです。

一般的なことでしたら
O_Kさんが書かれたように情報を収集しましょう。
まず「フランチャイズ　書籍」をキーワードに
ググッてみれば業界紙や業界専門書籍に関する
サイトが出てきます。
最終的にはＦＣ経理全般に詳しい税理士さんを見つけて
顧問になってもらうのが最善策だと思います。

長文失礼しましたｗ