何に対して問題が生じてどのような調整が必要と
考えていらっしゃるのかを、もう少し具体的に
書かれた方がレスが付くと思います。
例えば
時給計算なのだが実際は就業時間数が多かった。
→追加賃金の支給したいがどうしたらいいか？

労働者に通知済の雇用条件をオーバーしていた。
→当事者に話して納得していただくか
翌月に残業扱いで追加賃金を支給する。
あるいは超過分を翌月以降を時間短縮で
勤務してもらい調整する。

といった感じでしょうか？？？

所得税関連、社会保険関連、労基法関連、その他の
いずれの問題を懸念されているのかが
今ひとつわかりません。
あ〜でも僕がわかってないだけだったりして；；