早速ありがとうございます。
確かに住民税については私も違和感あったんですが、ただ9月30日に支払うものはもし給与支給日を変更していなければ本来は10月11日に支払っていたものなので双考えるとやっぱり9月30日でも住民税についても控除するのかなーなどと考えこんでしまっていたんです。

ちなみに9月30日支給の分からは社会保険料等は控除する必要はあるでしょうか。