ronさんありがとうございます。
再度確認してみたところ、新たな状況が
わかりました。

修正申告ではなくて税務署・市役所等の更正通知
によるものでした。

そこで、税金ソフトを修正申告の状態にして
別表4の加算をいれて繰り越してきたようです。
しかし、税金ソフトで計算した市民税と
金額がずれていた市があり、また更正通知を
送ってこなかった市もあるようです。

そうすると、通知とソフト上の金額のズレを
そのまま繰り越していたり、通知が来なかった
市民税が残っているようです。

このような状況になっております。