即刻本部に報告することをお勧めいたします。大変勇気の居ることと思いますが、最終的にそのほうが問題を大きくせず解決することが出来ると思います。
なお、もし報告をするのであれば社長又は役員クラスに報告をしないと問題はこじれていきますので注意してください。
「過去経理処理をして本社から何も言ってこないので・・」との記載が有りますが、暗黙の了解があるように係れて降りますが、基本的に本社側で見逃しているだけと思います。知らないでしょルしているのなら問題は無いのですが、知っていてとめないのは横領の幇助にあたります。その上司に愛人が居る甲斐ない価までの情報は、本社では掴んでいないと思いますので、このあたりが本社でその領収書を見逃してしまう要因と思われます。

勝手なことを言うようですが、横領は内部告発でしか表に出ません、取締役クラスになると実際にどのように経費が使われていかまで、厳密に押さえていないのが現実です。是非教えてあげることをお勧めいたします。