御社の市民税の経理のやり方が分かりませんのであまり正確ではないと思いますが、
市民税の期首未納税額が、前期の確定納付税額＋修正申告による増加税額(本税のみ)になっていれば問題ないと思いますよ。

また、前期確定納付税額分については当然納税充当金の準備が有りますので、充当金取崩による納付欄に記載し、修正申告による増加税額については、納税充当金の準備は有りませんので、損金経理による納付欄に記載されるものと思います。
（当期末においてなお修正申告による増加税額の納付が行われていなければ当然期末未納税額に残っていることとなります）

市民税について、中間納付時・確定額の計上時・修正分の計上時の会計仕訳を教えていただければ、もう少し詳しく説明できると思います。