たぶん、この記事をご覧になられて言われているものと思います。
http://www.zeiken.co.jp/wtax/tax20060522_01.htm

要するに、このタイミングで株を異動すれば、よほどの経済的合理性等の理由がない限りは、課税逃れと受け取られてしまう、という事かと思います。
しかし、急に決まった改正の訳で、このタイミングでするしかない訳で、頭が痛いところですね。
もちろん、経済的合理性等のきちんとした理由付けがあれば認められるべきものではありますが。

それと、過半数の常勤役員と、株の１０％超については、一体となっている訳ではないので、両方揃わなくても良く、いずれか一方のみで、認められるものです。
（もちろん、経済的合理性等の理由がある事が大前提となりますが。）

どちらかというと、役員になる方が説明はしやすい気はしますが。
もちろん理由と共に、実態が伴う事が大前提ですが。