たばこ税のことはよくわからないので、いつ、誰が、どうやって計算したたばこ税を、どうやって納税するのかがわかりません。

したがって、正確な回答をできる自信がないのですが、一般的な簿記の話と言う事で申しますと、

1.支払ったたばこ税を、商品仕入(つまり商品原価)と考える方法
2.支払ったたばこ税を、商品原価とはせず、単なる費用の支払いと考える方法
の2種類があります。

たばこ税100を現金で納付した場合、
1.では、
 仕入100 / 現金100
と仕訳します。

2.では、
 租税公課100 / 現金100
と仕訳します。

もしも、1.で納めたたばこ税に対応する商品が期末に売れ残っていれば、1.で支払ったたばこ税100のうち、期末在庫商品に対するものは、期末在庫商品の原価に加算します。

たとえば、1.で納めたたばこ税のうち、その対象商品の50%が期末に売れ残っているとした場合、
期末棚卸商品の金額は、このたばこ税50(100×50%)を含めた金額で決算仕訳します。

決算時の仕訳
 仕入 / 繰越商品 ・・・期首棚卸商品
 繰越商品 / 仕入 ・・・期末棚卸商品(たばこ税50を含む)

たばこの販売業を営んでいるのでしたら、たばこ税の支払は商品原価(売上原価)とするべきですから、本来は1.の方法が厳密な正しい処理、2.は簡便的な処理で金額的に軽微である場合ににみ認められる方法かと思います。