こんにちは。

経常運転資金の額が意味するものは、常にその分だけ資金が寝ている（ふきだまり）状態ですから、言わば会社が存在する間ずっと資金負担となる額のことです。
そこでお書きのような在庫の評価減があれば当然ながら算式から減額されますので、仰るとおり減少した数字で答えが出てきます。
でもそれでは何の意味もありませんね。
どうするかというと、その分（評価減、除却廃棄等）は別管理して、その両方を見ることになります。
経常運転資金の他にこれだけのお金が捨てられたのだ・・・・という見方です。

またその前段階にある長期の不良在庫や不良売掛金などはそのままで計算します。
なぜなら御社に借入金が全くないのなら別ですが、そうではなく通常の運転資金の借入金があるとすれば、不良在庫そして不良売掛金の元となっている仕入分のお金は借入金に姿を変えているからです。
それらは実際の代金回収が実現しない限り解決されません。
仕入代金は支払済み、回収が無いからその分を借入、そして借入の返済＋支払利息。
営業さん、あるいは経営者にこの理屈を判ってもらう必要があります。

経常運転資金の数字だけの増減を見てもその良し悪しは確かに判りづらいものです。
そこで姿を変えた先である借入金との比較で見て行く訳です。
まずは単純にある程度の長い年月分をグラフ化してみて下さい。
二本の折れ線グラフは接近してきているのか、あるいは広がってきているのか・・・？？