こんにちは。

＞通常当社では「普通車指定席」が規定なのですが
所長の希望で、いつもグリーン車を手配しています。
（差額はもちろん所長負担。）

グリーン車の利用そのものが個人負担ということのようですから、キャンセルになった理由の如何を問わず、
グリーン車のキャンセル料も個人負担すべきでしょうね。