その手数料が何の性質を持ってるかによると思います。
ファクタリング契約とかの期日前入金の金利分ってことであれば非課税でしょうし、単純な処理手数料であれば課税でしょう。
まずは内容を確認です。

固定資産については小額費用の損金処理ってことですかね？
その分は減価償却累計額に含める必要はないと思いますよ。
そもそも一旦固定資産に計上する必要がないと思いますし、むしろ固定資産計上したら本来の耐用年数で減価償却すべきものって気がします。
うちの会社が30万円未満の適用がないのでここら辺については詳しい人にまかせます。