従来通りの手続きをするのが懸命だと私も思います。
万が一問題がおきた場合、なにかと手続きも面倒だと思います。
従業員の方には、正当な手続きをする旨を伝え、発覚した場合、従業員の方にも面倒な手続きが発生しますから・・・などと説明したら納得していただけないでしょうか？
ちなみに私も3ヶ月間試用期間のため社保に加入できないという妙な会社に就職したことがありますが、その時は自分で国保に加入しました・・・。