こうしなければならない、という統一的なルールは
多分ないので、難しいところですね。
まずは貴社の就業規則にこういう場合についての
規定があるか、によるでしょう。
就業規則になければゼロから対応を考えることに
なりますね。

以下は全くの個人的な感想ですが、
まとまった期間欠勤するからといって
事前に支給された6か月とか3か月分の定期代の
対応期間分を返せ、というルールは酷な気がします。
(6ヶ月分の定期というのは6ヶ月の間に事情が変わる
リスクの分安いわけで、会社はただ通勤費用を
安く上げるだけ、リスクは社員の方で負担しろ、
というのはどうだろうなあ、と・・・
それも一つの割りきりではありますけどね。)
6ヶ月の定期を5ヶ月経過時点で払い戻したら
いくらになるかを定期券の発行元に聞いて、
その分だけ返してもらうというあたりが
精々じゃないかと思いますが。