> 確定申告書の別表関連や○○内訳書というものはいくつも作成することになりますが、これは申告の時に提出をしたらこちらにはもう戻ってこないのですか？

> 控えとして自分で欲しいなら提出前にコピーしておくものなのでしょうか？どうも過去のものは別表７はコピー保存になってますが、他はそのまま戻ってきてるような感じなので。

基本的に、別表１を除いては、税務署に提出するのは１枚ずつで、通常は同じものを控えとしてもう１部作って、提出の際に、税務署の受付印をもらった上で会社で保存しておくべき事となります。
（銀行の融資等の場合は、税務署の受付印がある控えを要求される事もありますので）