これも、あくまでも社長個人にとって有利、という事ですが、役員報酬を増やせば所得税の課税対象（もちろん社会保険も）となりますが、社宅家賃については一定額以上もらっていれば非課税となりますので、社長の事だけを考えたら、社宅にした方が有利、という事にはなります。
（社会保険まで考えれば、微々たるものですが、確かに会社に有利と言えなくもありませんが）

社長としては、会社に有利だから、というのを口実にしたいのでしょうけど（＾＾；