umiさんが紹介している条文の通り会社法施行時から有限会社でも株式会社として存在します。したがって、有限会社から株式会社となるのは、組織変更ではなく商号変更となります。


有限会社から株式会社に変更するときの手続や定款のサンプルがあります。

○会社法施行に伴う商業登記申請書様式等について

商号変更による解散の登記と設立の登記の申請は，同時に行ってください。
（商号変更による設立）
http://www.moj.go.jp/MINJI/MINJI109/minji109-14.pdf