と、それだけの情報ではどうにもアドバイスのしようがありません。ご自身で経理を行おうと思うのなら、少なくとも日商簿記の３級、できれば２級あたりまでは習得すべきだと思います。２級レベルの理論を把握すれば、ある程度教科書にないことでも対応できますし、ネットなどで調べることもできますしね。
とりあえず１年目はそこまで追いつかないと思いますので、税理士さんへ頼むほうがいいのではないでしょうか。コンビニのフランチャイズの中のことは分かりませんが、本部に直接問い合わせるわけにはいかないのでしょうか？