まず最初に借上社宅の家賃として会社の経費処理していいのか
それとも従業員への給与扱いになるのかを判定しましょう。
関連経費が会社の経費か否かはその後の判断かと思います。

（その年度の家屋の固定資産税の課税標準額×0.2％）
＋（12円＋当該家屋の総面積÷3.3）
＋（その年度の敷地の固定資産税の課税標準額）×0.22％
で求められる賃料の50％以上を従業員が負担していれば
会社は福利厚生を目的の借上社宅の賃借料として処理できます。
逆を言うと条件を満たさなければ給与扱いです。

と書いたものの実際にこの判定を行なうのは大変なので
本人から支払家賃の２割から５割くらいを寮費として
負担させれば実務上は問題はないと思います。

またその際の
・抗菌処理代、清掃代、火災保険料については
会社の経費で処理しても実務上は経費を否認されることは
ないと思います。

それから火災保険の領収証ですが保険会社名で発行された
領収証でしたか？
そうでなければ間に合わせに手持ちの領収証を使用した
可能性が大です。（代理店としてはやってはいけないことですｗ）
ご判断の通り保険料は非課税ですよ。
それと住宅用賃貸物件の消費税の判定も非課税で正解です。

最後に私の私見を述べさせていただくと
借上社宅とする場合は従業員負担分の判定があいまいな場合は
実務上は全ての関連経費を会社経費で処理しているとしても、
本来はその経理処理は問題があることを認識すべきです。
なので全額会社負担は避けるべきだと思います。

経理処理に自信がない場合は課税給与として家賃補助を支給して、
会社としての関与はそこまでに限定して、契約や家賃支払等は
従業員に任せてしまった方が安全だと思います。