>では、会社が報酬を支払った場合は通常通り源泉徴収を行ってよいのですね。

そうですね、年末調整の計算も、あくまでも、支給及び徴収があったものとして計算されている訳ですので。

タックスアンサーではありませんが、国税庁の確定申告の手引きの中にありました。
http://www.nta.go.jp/category/kakutei/tebiki/h17/a/10/10000300.html

最初に、書き足りなかったようですが、納付した後自動的に還付される訳ではなく、「源泉徴収税額の納付届出書」を提出する必要があるようですね。
（上記用紙についてダウンロードできないか、国税庁のサイト内を検索してみましたが、見つけられませんでした。）