税務署の手違いでご不安なところ、胸中お察しします。

休み明け一番に管轄税務署に確認の電話を入れましょう。
口座番号と振込み口座名が一致しなければ振り込まれる事はないと思いますが、間違って振り込まれる事もありえないわけではないので、念には念を入れた方が良いですね。

kakoさんの手元には申告書の控えがあり、税務署の手違いが明らかなのであれば、ガツンと言ってかまいませんよ。

以前、自分の手違い（口座番号記入間違い）で還付金を振り込もうとしたら口座番号と名義人が一致しないから振り込めないので、もう一度口座番号と名義人を連絡して欲しいと管轄税務署から書類が来た事があります。 :-o

早いうちに確認した方が良いと思われます。