うちの関係先の公認会計士の先生がよくやる方法は、

　ほったらかし

です。
法律論としてはあまりお勧めできませんが。（笑）

一応、会社の債務はなるべくきれいに清算する必要があります。
買掛金や借入金があると債権者がギャーギャー言ってきますので。
（特に零細なところほど必死ですから、うるさく言ってきます。）

今回は、借入金などがないので、給料の未払い分さえ何とかなればよいでしょう。
従業員給与に対する未払金であれば、払ったほうがよいですし、役員の給与に対する未払金であれば、事情を理解してもらって放棄してもらいましょう。
もちろん、お金があれば役員の未払給与や未払の税金関係も支払ってよいと思いますが、社長個人がよそに借金をしてまで支払う必要は絶対ありません。

実際、世の中には赤字を抱えてそのままほったらかしになっている会社はたくさんあります。
換金できる資産が全然ない赤字会社に対して、国や地方自治体も、文章や電話で「申告しろ。」「税金払え。」とは言ってきますが、それ以上のことはできませんよ〜。
（回収見込みのないところにかまっているほど彼らも暇ではありませんから。）

もちろん社長個人の財産が、国や地方自治体の税金のカタにとられることはありません。
法律上、社長個人と会社は全く別人格ですから。

社長が会社の借入金の保証人になっている場合は、社長個人宅にも借金取りが押しかけてきますが、国税や地方税でそんなことはできません。
（よ〜〜っぽど超高額・悪質な脱税でもしていれば話は別かもしれませんが。）

まあ、あとあとの心配をしたくないのならば、なるべく税理士さんや弁護士さんに整理・清算手続きをしてもらうのがよいと思いますが、ただでさえ赤字でお金がないのにあまり無理をしてまでさらに出費を増やすのもどーなのかなと個人的には思います。

税務署・地方自治体の職員の方々には申し訳ないですが、まだまだ一部を除いて不景気な時代、赤字会社の処分の仕方としては、しかたなく「登記も税金もほったらかし」という方法が最も多いのではないでしょうか？
（何度も言いますが、決して決して決してお勧めしているわけではありません。笑）