少しだけ、補足しますと、両建てになっていたとしても、代表者借入金があるのであれば、認定利息の計算自体は、その分を差し引いてされますので、表示方法で税金を余計に取られてしまう恐れは少ないものと思います。

ただ、いずれにしても、両建てはあまり好ましくないとは思いますので、kontaさんがお書きになられている通り、いずれか片方の科目を使用されるべきとは思います。
（ただ、どちらになるかわからなければ、科目自体は両方設定されて良いと思いますが。）